Die italienische Renaissance und in ihrem Gefolge der Humanismus erweckten auch in unserm Land ein neues Lebensgefühl.
Die alten Burgen mit ihren engen Räumlichkeiten entsprachen nicht mehr dem Verlangen nach gesünderer, bequemerer Wohnlichkeit. Wo es ging schritt man zu größeren Umbauten.
Aber auch die Feuerwaffen, namentlich die Artillerie hatte bedeutende Fortschritte gemacht, wodurch die Burgherren gezwungen wurden, ihre alten, aus dem Mittelalter stammenden Burganlagen völlig zu modernisieren.
Auch der Fleckenstein erlebte so einen großangelegten Um und Neubau, der 1541 beginnend, sich über mehrere Jahre hinaus ausdehnte. Den Anlass hierzu gab der Tod Ludwigs von Fleckenstein, der, obwohl das Haupt der weitverzweigten Familie, über 30 Jahre lang als Oberhofmarschall der Kurfürsten von der Pfalz im Schloss zu Heidelberg lebte und nur selten auf den Fleckenstein kam, um dort nach dem Rechten zu sehen.

So trafen sich alle Fleckensteiner im Juni 1541 auf der Burg, um in der Person Friedrichs des Älteren ein neues Familienoberhaupt zu bestimmen und den Um und Neubau des Schlosses, sowie die Reorganisation der Verwaltung desselben zu beschließen.
Ein Baumeister, wir würden heute sagen ein Architekt, wurde ernannt, dessen Gehalt gemeinsam von allen Familienmitgliedern getragen werden sollte. Damit begannen die großen Arbeiten, welche dem Schloss ein ganz neues Gesicht geben sollten. Leider sind von diesen Neubauten nur wenige Reste erhalten geblieben . Doch zeigen die schön, im Stil verspäteter Renaissance behauenen Steine, wie prächtig dieser Bau, ausgesehen haben mag: namentlich das, auf dem obersten Felsenplateau ganz in die Höhe erbaute Wohnpalais musste auf den Beschauer einen starken Eindruck gemacht haben. So ist es nicht verwunderlich, wenn der damalige sehr bekannte Straßburger Festungsarchitekt Daniel Specklin den Fleckenstein zum Vorbild nahm, als er das Idealbild einer uneinnehmbaren Burg zeichnen wollte, und dass diese Phantasiezeichnung später die Bezeichnung Fleckenstein erhielt.

Aber auch für eine Instandsetzung der Verteidigungsanlagen wurde Sorge getragen. Hierzu erklärte sich Friedrich der Ältere bereit, seine 3 bei einem Hagenauer Kanonengießer fertiggestellten Kanonen der gemeinsamen Verteidigung zur Verfügung zu stellen, falls die übrigen Familienmitglieder sämtliche, auf dem Schloss vorhandenen Kanonen einer genauen Revision und Instandsetzung unterziehen werden.
Betreffs der Archive wurde bestimmt, dass dieselben in dem Archivgewölbe der Burg aufbewahrt werden sollten, dessen Türe zwei verschiedene Schlösser aufwies, sodass nur in Gegenwart der Vertreter beider Familien, die Urkunden eingesehen werden konnten. Dieses Archiv befand sich auf der oberen Burg und ist erkenntlich durch die über der Tür eingehauenen Wappen der beiden Familien.
Doch noch eine andere Bestimmung wurde bei diesem Familientag des Jahres 1541 getroffen, eine Bestimmung, die von einschneidender Bedeutung für die gesamte Herrschaft werden sollte. Da der Posten eines Schlosskaplans freigeworden war, wurde ein
neuer ernannt mit der Verpflichtung alle Sonn und Feiertage in der Schlosskapelle die Messe zu lesen und das reine Evangelium zu predigen. Wir sehen hieraus, dass damals schon alle Herren von Fleckenstein für die evangelische Lehre gewonnen waren. Doch erst zwei Jahre später führten sie den Protestantismus offiziell in ihrer Herrschaft ein.

Die Herren von Fleckenstein begnügten sich nicht mit dem Neubau ihres Stammschlosses, der etwa 1570 zu einem guten Ende geführt worden war. Sie modernisierten ebenso ihre Schlösser in Weitersweiler, Sulz u. W. Rödern und erbauten neue in Hohweiler und Trimbach. Es war eine Zeit des allgemeinen Aufblühens der Wirtschaft und des Handels, die jedoch jäh durch den Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges unterbrochen werden sollte.